Para renomear um controlador de domínio

1- Verificar que o DNS está ok

Verificar os ponteiros DNS (apontar para o servidor local).

nslookup -type=ns nomeatual.net

2- Elevar o nível funcional do domínio para Server 2003

3- Instalar suptools.msi (CD-ROM W2K3\SUPPORT\TOOLS)

4- Renoemando o Controlador de domínio

netdom computername NomeAtual /add:NovoNome

Ex. netdom computername Servidor2 /add:servidor3.walter.net

Este comando atualizará os atributos do nome principal de serviço (SPN) no Active Directory para essa conta de computador e registrará os registros de recursos DNS para o novo nome de computador.

5- Verifique se as atualizações e os registros DNS da conta do computador estão completos usando o comando abaixo.

netdom computername NomeAtual /makeprimary:NovoNome

6- Reinicie o computador

7- Removendo o nome antigo

netdom computername NovoNome /remove:NomeAntigo

8- Testar A.D., Politicas, DNS e outros recursos que se façam necessários

Fonte:

http://technet.microsoft.com/pt-br/library/cc782761.aspx